Natural de Cambuci/RJ, graduou-se em Direito pela UFF em 1971. Ingressou no MP do antigo Estado do Rio em 1974, sendo a primeira lotação em São Fidélis, com passagens também por Casimiro de Abreu, Rio Bonito e Niterói. Destaca-se a atuação na PJ junto à 2ª Vara Criminal de Niterói (1983-1985), onde o combate aos grupos de extermínio lhe valeu o epíteto "Promotor sem Medo".
Foi também titular da Curadoria de Justiça do Meio Ambiente e do Patrimônio Comunitário (1986-1988). Promovido a Procurador de Justiça em 1994, atuava junto à 1ª Câmara do Tribunal de Alçada Criminal quando pediu afastamento do cargo para dedicar-se à carreira política.
Morador de Niterói, foi candidato a Deputado Federal (1990) e a Vereador por duas vezes. Na primeira (1992), exerceu a suplência e, no pleito de 1996, foi um dos vereadores mais votados da cidade. Faleceu no exercício do cargo em 1998.
Em sua homenagem, foi nomeada no bairro de Camboinhas a "Praça Vereador João Batista Petersen Mendes"; e em 2008, foi instituída pela Câmara Municipal de Niterói a "Medalha Legislativa Municipal do Mérito João Batista Petersen Mendes" aos cidadãos que se destacassem na defesa das causas ecológicas e dos direitos humanos.