Proclamada a República em 1889 e antes da promulgação da Constituição Federal de 1891, por iniciativa do Ministro da Justiça Campos Salles, foram editados dois decretos determinantes para a institucionalização do Ministério Público: os decretos nº 848 e nº 1.030, ambos de 1890.
O decreto nº 848 estabeleceu as atribuições do cargo de Procurador-Geral da República na estrutura da Justiça Federal, e o decreto nº 1.030 organizou a Justiça no Distrito Federal, instituindo o cargo de Procurador-Geral do Distrito Federal como o chefe do Ministério Público na capital do país. Ambas as legislações constituíram a base para o ordenamento do Ministério Público nos Estados.
Nesse contexto, o Rio de Janeiro apresentou uma situação diferenciada dos demais estados federativos com três momentos bastante específicos. Como a antiga província fluminense abrigava o Município Neutro do Rio de Janeiro como sede da Corte Imperial, o novo Estado manteve o mesmo status e estrutura da cidade como Distrito Federal, capital da República. Desta forma, a partir da promulgação da Carta Constitucional de 1891, coexistiram o Estado do Rio de Janeiro, com capital em Niterói, e o Distrito Federal do Rio de Janeiro com poderes executivo, legislativo e judiciário organizados de modo independente.
Na esfera do Judiciário Estadual, ao qual o Ministério Público no Estado do Rio de Janeiro estava relacionado, foi determinada a existência de "dois Ministérios Públicos": a Procuradoria-Geral do Rio de Janeiro (1891-1975) e a Procuradoria-Geral do Distrito Federal (1891-1960).
A transferência da capital do país para Brasília inaugurou um novo momento com a transformação do Distrito Federal no Estado da Guanabara em 1960. O órgão ministerial passou à denominação de Procuradoria-Geral da Justiça do Estado da Guanabara (1960-1975).
Já o terceiro momento consistiu na decisão pela fusão dos Estados do Rio de Janeiro e da Guanabara, determinando a criação do "novo" Estado do Rio de Janeiro e da estrutura atual da Procuradoria-Geral de Justiça a partir de 1975.

Subsérie Procuradores-Gerais do antigo Distrito Federal (1891-1960)
A Subsérie consiste em apresentar os Procuradores-Gerais de Justiça durante o período de 1891 a 1960. Manoel Pedro Alvares Moreira Villaboim (1891-1905); Luiz Guedes de Moraes Sarmento (1905-1924), André de Faria Pereira (1924-1928); Heráclito Fontoura Sobral Pinto (1928); Jorge Americano (1928-1930); André de Faria Pereira 1930-1931); Álvaro Goulart de Oliveira (1931-1934); Philadelpho de Azevedo (1934-1936); Armando Prado (1936-1937); Romão Cortes de Lacerda (1937-1949); Alfredo Loureiro Bernardes (1949-1950); Theodoro Arthou (1950-1951); Jorge de Godoy (1951-1952); Fernando Maximiliano Pereira dos Santos (1952-1955); Fernando Vilela de Carvalho (1955-1956); Victor Nunes Leal (1956) e Candido de Oliveira Neto (1956-1960).
Subsérie Procuradores-Gerais do antigo Estado do Rio de Janeiro (1891-1975)
A subsérie consiste em apresentar os Procuradores-Gerais de Justiça durante o período de 1891 a 1975. Licínio Alfredo da Silva (1891); José Pamplona de Menezes (1891-1893); Marcelino da Gama Coelho (1893); Alfredo Bernardes da Silva (1893-1894); Pedro Athayde Lobo Moscoso Júnior (1894-1903); José Joaquim da Palma (1904-1909); Francisco Leite Sampaio Bittencourt Júnior (1909-1911) e (1915-1923); Espiridião Eloy de Barros Pimentel Filho (1911-1914); Luiz Nunes Ferreira Filho (1923-1925); Mário Carvalho de Vasconcellos (1925-1930); Henrique Jorge Rodrigues (1930-1936); Antônio Moniz Sodré de Aragão (1936-1937); Horácio José de Campos (1936-1937); Ivair Nogueira Itagiba (1937); Paulino José Soares de Souza Neto (1937-1947); Guaracy de Albuquerque Souto Mayor (1947-1948); Newton Quintella (1948); Gastão Almeida Graça (1948-1951); Nelson Pereira Rebel (1951-1954); Paulo Tavares da Gama (1955-1957); Jorge Diniz Santiago (1957-1958); José Luiz Sales (1958); Joaquim José Serpa de Carvalho (1958-1959); Antônio Carlos Sigmaringa Seixas (1959-1964); João de Oliveira Filho (1962-1963); Adalberto Lopes (1964); Paulo Antunes de Oliveira (1964-1967); João de Almeida Barbosa Ribeiro (1967-1969); Atamir Quadros Mercês (1969-1971); Paulo Gomes da Silva Filho (1971); Gastão Menescal Carneiro (1971-1974) e Francisco Gil Castello Branco (1973-1975).
Subsérie Procuradores-Gerais do extinto Estado da Guanabara (1960-1975)
A subsérie consiste em apresentar os Procuradores-Gerais de Justiça durante o período de 1960 a 1975. Candido de Oliveira Neto (1960); Carlos Sussekind de Mendonça (1960-1962); João Baptista Cordeiro Guerra (1962-1965); Arnaldo Wald (1966-1967); Leopoldo Braga (1967-1971); Clóvis Paulo da Rocha (1971-1972); Paulo Chermont de Araújo (1972-1973) e Hermano Odilon dos Anjos (1973-1975).
Subsérie Procuradores-Gerais do atual Estado do Rio de Janeiro (1975-)
A subsérie consiste em apresentar os Procuradores-Gerais de Justiça durante o período de 1975 aos tempos atuais. Raphael Cirigliano Filho (1975-1977); Amaro Cavalcanti Linhares (1977-1979); Hermano Odilon dos Anjos (1979); Clóvis Paulo da Rocha (1979-1980); Nelson Pecegueiro do Amaral (1980-1981); Nerval Cardoso (1982-1983); Nicanor Medici Fischer (1983-1984); Antonio Carlos Silva Biscaia (1984-1986) e (1991-1995); Luiz Roldão de Freitas Gomes (1986-1987); Carlos Antônio da Silva Navega (1987-1991); Hamilton Carvalhido (1955-1999); José Muiños Piñeiro Filho (1999-2003); Antônio Vicente da Costa Júnior (2003-2005); Marfan Martins Vieira (2005-2009) e (2013-2017); Cláudio Soares Lopes (2009-2013); José Eduardo Ciotola Gussem (2017-).